１９９２年底，孔繁森第二次调藏工作期满，西藏自治区党委决定任命他为阿里地委书记，这一任命意味着孔繁森将继续留在西藏工作。面对人生之路又一次重大选择，他毫不犹豫地服从了党的决定、人民的需要。

　　阿里地处西藏西北部，平均海拔４５００米，被称为“世界屋脊的屋脊”。这里地广人稀，常年气温在零摄氏度以下，最低温度达零下４０多摄氏度，每年７级至８级大风占１４０天以上，恶劣的自然环境、艰苦的生活条件使许多人望而却步。

　　可是，１９９３年春天，年近５０岁的孔繁森赴任阿里地委书记后，在不到两年的时间里，全地区１０６个乡他跑遍了９８个，行程达８万多公里，茫茫雪域高原到处都留下了他深深的足迹。

　　在孔繁森的勤奋工作下，阿里经济有了较快的发展。１９９４年，全地区国民生产总值超过１．８亿元，比上年增长３７．５％；国民收入超过１．１亿元，比上年增长６．７％。他为了制定把阿里地区的经济带上新台阶的规划，准备在最有潜力的边贸、旅游等方面下工夫。为此，他带领有关部门，亲自到新疆塔城进行边贸考察。１９９４年１１月２９日，他完成任务返回阿里途中，不幸发生车祸，以身殉职，时年５０岁。

　　在孔繁森的葬礼上，悬挂着一副挽联，形象地概括了孔繁森的一生，也道出了藏族人民对他的怀念：“一尘不染，两袖清风，视名利安危淡似狮泉河水；两离桑梓，独恋雪域，置民族团结重如冈底斯山。”

　　人们在料理孔繁森的后事时，看到两件遗物：一是他仅有的８元６角钱；一是他去世前４天写的关于发展阿里经济的１２条建议。这就是孔繁森留下的遗产，体现出一名共产党员的高尚情怀。

　　２００９年９月，孔繁森被评为１００位新中国成立以来感动中国人物之一。