甘肃属陕西承宣布政使司管辖。原甘肃境内共设置5 府、9 州（隶属于府）、50县。5 府是庆阳府、平凉府、巩昌府、临洮府、灵州（直隶州）。9 个属州是：宁州（隶属庆阳府）、泾州、静宁州、固原州（以上3 州属平凉府）、秦州、阶州、徽州（以上3 州属巩昌府）、兰州、河州（以上2 州属临洮府）。除府（直隶州）、属州、县外，还设有卫、所。按照明的定制，卫、所设于边境和要害地区，在边境重镇设行都指挥使司，每省设一都指挥使司。卫、所实行军屯，属军事机关，但后来在边境地区卫、所也兼理民政。甘肃境共设21卫、9 个千户所，即洮州卫（故治在今临潭县东）、岷州卫（今岷县）、宁夏卫、宁夏前卫、宁夏左屯卫、宁夏右屯卫（今宁夏宁朔县）、宁夏后卫（今宁夏灵武县东南）、宁夏中卫（今宁夏中卫县）、靖虏卫（今靖远县，以上属陕西都指挥使司）、甘州左卫（今张掖市）、甘州右卫（今张掖市）、甘州 中卫、甘州前卫、甘州后卫、肃州卫（今酒泉市）、山丹卫（今山丹县）、永昌卫（元为永昌路）、凉州卫（今武威市）、镇番卫（今民勤县）、庄浪卫（今永登县南）、西宁卫、沙州卫（今敦煌县西，以上属陕西行都指挥使司）、赤金蒙古卫（今玉门西北赤金堡）、罕东卫（今酒泉市西南）。

　　9 个千户所是：西固城守御千户所（岷州卫）、灵州守御千户所、兴武守御千户所（宁夏卫）、韦州守御千户所（宁夏卫）、平虏实御千户所、碾伯守御千户所、镇夷实１御千户所（宁夏卫）、古浪守御千户所、高台守御千户所。另外，属于明朝九个重镇的有：宁夏（今宁夏回族自治区银川市）、固原（今宁夏回族自治区固原县）、甘肃（今张掖市）。

　　清朝的地方行政制度是省、府（直隶州、直隶厅）、县（散州、散厅）三级制。清初，分全国为18行省。清圣祖康熙六年（公元1664年）设陕西左、右布政使司，右布政使司驻巩昌（今陇西）。康熙六年（公元1647年）改陕西右布政使为巩昌布政使司。次年，又改巩昌布政使司为甘肃布政使司，同时将治所从巩昌移至兰州。

　　清代的省制虽因袭明制，但进一步完善，其特点是有了主持一省军政事务的最高长官巡抚（巡抚之制始于明朝，但无一定之辖区），巡抚之上设有总理一省或数省军政事务的总督，且省内设有管理各种事务的司道。雍正三年（公元1725年）裁行都指挥使司及诸卫、所。清高宗乾隆二十九年（公元1764年）裁甘肃巡抚（原驻宁夏，顺治五年即公元1648年迁至兰州），以陕北总督行巡抚事，并迁陕甘肃督置至兰州。当时甘肃辖区除包括今新疆、青海、宁夏一部分外，大体上和今甘肃的境域相同。

　　可以说甘肃的行政区域，奠定于两汉，正式于元代，完成清朝。清德宗光绪十年（公元1884年），从甘肃分出新疆单独建省。仑置以后的甘肃省辖8 府 6直隶州、1 直隶厅、61县。8 府是：兰州府、平凉府、巩昌府、庆阳府、宁夏府、西宁府、凉州府、甘州府。6 直隶州（与府同级）是：泾州、固原州、阶州、秦州、肃州、安西州。1 个直隶厅（与府同级，在省数民族聚居地区设置，不领县），即化平川直隶厅（平凉、华亭、固原、隆德4 州县地）。除了直隶厅，全省还设8 个属厅（散厅，隶属于府，不领县）；洮州厅（属巩昌府，今临潭县）、庄浪厅（属凉州府，今永登县南）、抚彝厅（属甘州府，今临泽县）、宁灵厅（宁夏府，今宁夏回族自治区吴忠市）、贵德厅（属西宁府，今青海省贵德县）、循化厅（属西宁府，今青海省循化撒拉族自治县）、丹噶尔厅（属西宁府，今青海省湟源县）、巴燕戎格厅（属西宁府，今青海省化隆县）。

　　另外，青海北部的额鲁特蒙左部5 部29旗，南部藏族40个土司，由西宁办事大臣管辖。西宁办事大臣受甘肃省节制。清朝在地方也设有监察区。甘肃省的监察区是6 道：平庆泾固化道（治所平凉府）、甘凉道（治所甘州）、安肃首（治所安西州）、巩秦阶道（治所秦州）、宁夏道（治所宁夏府）、宁道（治所西宁府）。