上海合作组织有两个常设机构，分别是设在北京的秘书处和设在乌兹别克斯坦首都塔什干的地区反恐机构。非常设机构包括元首理事会、政府首脑（总理）理事会、外长理事会、国家协调员理事会及总检察长、国防、经贸、交通、文化、救灾等部门领导人会议。其中，成员国元首理事会是上海合作组织的最高决策机构，元首理事会每年举行一次会议，就组织内所有重大问题作出决定和指示。成员国政府首脑理事会每年举行一次例会，重点研究组织框架内多边合作的战略与优先方向，解决经济合作等领域的原则和迫切问题，并批准组织年度预算。